Abbiamo notizia dell'istituzione a Udine di una scuola pubblica di tipo letterario già dal 1297; essa operò fino al 1679, quando fu trasformata nel "Gymnasium Civitatis Utini", gestito dai Padri Barnabiti, con il sostegno legale e finanziario del Comune di Udine. Fu un'istituzione organica, strutturata sul modello letterario ginnasiale, con gli insegnamenti di grammatica, di umanità, di retorica e di logica. Si costruirono locali adeguati, rinnovati poi nel 1833, destinati ad ospitare fino al 1918 la Scuola Classica e in seguito anche altri Istituti quali l'Istituto Tecnico "Zanon", il Liceo scientifico "Marinelli" e altri.
L'impegno dei barnabiti cessò dopo 131 anni, con l'anno scolastico 1809-10, in applicazione del decreto di soppressione delle corporazioni religiose, emanato da Napoleone Bonaparte. Alla direzione della Scuola era allora il barnabita friulano, padre Alessandro Tartagna. A lui e ai suoi predecessori si deve la formazione di quella "Biblioteca Barnabitica" che costituisce, con i suoi 1230 volumi superstiti, di cui molti incunaboli, la base storica della Biblioteca del Liceo.
Ginnasio e Liceo, prima istituzionalmente distinti (sino al 1851), poi fusi insieme nell'Imperial Regio Ginnasio Liceale proseguirono la loro attività fino al 1866, quando divennero una Scuola del Regno Italico. A questo periodo risale l'intitolazione dell'istituto a Jacopo Stellini, frate somasco cividalese vissuto tra il 1699 e il 1770, docente di filosofia morale,dal 1739 alla morte, nel Ginnasio patavino.Una raccolta di manoscritti delle opere di Stellini è stata donata dagli eredi all'Istituto ed è conservata in biblioteca.Nel 1914, nella Braida della Porta, nell'attuale piazza I Maggio, ebbe inizio la costruzione dell'edificio, completato nel 1915, non destinato, però, ad accogliere studenti, ma ad ospitare il Comando Supremo italiano in occasione della guerra mondiale; nel 1917-18 esso fu occupato dalle truppe tedesche e tornò alla sua funzione educativa solo dopo Caporetto.Nel periodo tra il 1940 e il 1945 la Scuola fu occupata da truppe militari e le lezioni vennero tenute in varie sedi provvisorie, fino al 29 maggio 1949, quando l'Istituto riprese la sua normale attività culturale. L'edificio subì ingenti lavori di ristrutturazione a seguito dei danni provocati dal terremoto del 1976 e, nel 1984, è stato di nuovo restituito, con strutture più moderne e funzionali, a studenti e docenti.